提升计算效率 百济神州选择浪潮高效计算平台为新药研发提速

肿瘤的病因很大一部分在基因层面，需要精准找到发病点，并针对性起作用，这对药物研发能力提出了更高要求。从药物开发周期来看，小分子药、单抗药物比传统药物在研发阶段的投入大、时间长、风险大，这令部分企业望而却步。如何高效率研发出创新药物，提升开发平台能力，成为企业思考的问题。

百济神州是一家专注于开发、商业化创新抗肿瘤药物的全球性生物科技公司，旨在为全球患者改善治疗效果、提高药物可及性。在药物研发过程中，百济神州通过"计算机辅助药物设计（CADD）"，降低部分研发费用，提升新药研制速度。

计算机辅助药物设计为新药研发提速

【资料图】

CADD是以计算化学为基础，通过计算机的模拟、计算来预测药物与受体生物大分子之间的关系，设计和优化先导化合物。调研数据显示，通常一个新药从先导化合物的发现、鉴定和优化，到实验室临床前研究，再到I~V期临床研究，平均需要10年以上的时间，花费约3亿美金以上。通过CADD，大大节省了新药开发的人力、物力和财力，成为新药研制的加速器。

同时CADD还提高了药物设计的成功率，随机筛选的命中率仅为0.01-0.1%，而CADD命中率则提高至5-20%，另外，CADD可使理论思维形象化、可视化，提供方便直观的设计手段，使得药物设计从盲人摸象的经验时代进入到合理药物设计时代。回顾历史不难发现，很多著名的药物都是源自CADD，例如抗癌药物伊马替尼、吉非替尼、舒尼替尼等。

百济神州借助浪潮信息搭建的服务器集群，利用研究生物分子体系的分子动力学的程序 -- GROMACS研究蛋白质分子，助力其CADD业务的研究。

GROMACS是用于研究生物分子体系的分子动力学程序包。它可以用分子动力学、随机动力学或者路径积分方法模拟溶液或晶体中的任意分子，进行分子能量的最小化，分析构象等，其在模拟大量分子系统的牛顿运动方面具有极大的优势。

在应用方面，分子动力学软件对于CPU的需求为持续高要求，因此对于系统配置而言，由于大部分时间都在进行浮点计算；在分子动力学并行计算过程中，在空间中或者以原子为单位划分了多个分布式的处理子部分，会导致在边界上或者交叉点处会有大量的不同节点之间的数据交互，网络的占用率非常高；

此外，分子动力学计算后期会产生系统在模拟时间内的轨迹文件，随着研究体系的增大，结果文件可以达到几GB到几十GB，这对于系统的总体存储容量要求非常高；并且分子动力学高并行度的特点，需要多节点组成的大规模并行集群系统架构，以实现大规模的计算。

浪潮服务器助百济神州提升开发效率

通过反复对各个厂商的甄选，百济神州发现，使用浪潮的服务器和存储方案时，GROMACS可以获得更高的混合精度浮点计算能力，从而成倍提高计算的效率，告别漫长的运算时间。

通过GPU服务器NF5688M6、NF5468M6和NF5280M5，依托业界先进的互联结构，释放出强大的双精度、单精度等多种算力，支持百济神州的大规模计算量能得到快速处理；配置TB级内存和SSD固态盘的NF5280M5大幅提升双精度浮点计算能力和缓存读写效率。

存储方面，通过存储产品是AS5300G5盘阵，提供了612TB的存储空间，保证客户的数据存储稳定可靠。通过针对性地部署AI算力产品，系统性能有了显著提升，缩短了业务的响应时间，释放出强大的双精度、单精度等多种算力，支持百济神州的大规模计算量能得到快速处理。

网络方面，通过万兆网卡、万兆交换机及配套万兆光纤线缆，计算网络带宽达到10Gbps， 满足计算和存储业务数据流转需求的同时，具有超高的性价比。

目前，百济神州已有三款自主研发产品实现商业化上市，包括百悦泽^®（泽布替尼）、百泽安^®（替雷利珠单抗）和百汇泽^®（帕米帕利），公司拥有约40款在研药物和商业化产品组合，包括多款具备差异化潜力的在研大分子、小分子药物。百济神州正在超过45个国家和地区执行近 80 项正在进行或已计划的临床试验，入组了超过 16,000 名受试者，其中约半数是在中国以外入组 。

百济神州通过加大使用计算机辅助设计的软件和服务器系统，缩短了研发周期，提升自主临床开发能力和效率，进一步降低研发成本，致力于在行业内走出一条与众不同的发展道路。未来，依托先进的算力平台，相信百济神州利用CADD技术一定会研制出更多的明星产品，百创新药，济世惠民。